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Foldit ist ein experimentelles Videospiel, das in Zusammenarbeit der Abteilungen „Computer Science and Engineering“ und „Biochemistry“ der University of Washington entstanden ist. Beteiligt sind viele Leute des Rosetta@home Projektes. Die erste öffentliche Beta wurde im Mai 2008 veröffentlicht.

Ziel des Spieles ist es, ein möglichst gut „gefaltetesProtein zu erhalten, d.h. ein Modell des Proteins im Zustand des Energieminimums. Das ist die Form, in der es in der Natur vorkommt. Dazu sind allerdings keinerlei Vorkenntnisse nötig, die Bewertung erledigt das Programm. Die Möglichkeiten, die der Spieler zur Proteinmanipulation hat, werden in einer Serie von Tutorialpuzzles erklärt. Für das Spiel wird dabei eine graphische Entsprechung der Proteinstruktur angezeigt, die der Spieler mit verschiedenen Werkzeugen verändern kann.

Wenn die Struktur verändert wird, berechnet das Programm einen Punktwert basierend darauf, wie gut das Protein gefaltet ist. Für jedes Puzzle wird eine High Score sowohl für Einzel- als auch für Gruppenlösungen erstellt, die sich in Echtzeit ändert.

Der Prozess, mit dem Lebewesen die primäre Struktur eines Proteins erschaffen, die Proteinbiosynthese, ist recht gut verstanden, ebenso wie die Enkodierung als DNA. Zu bestimmen, wie die primäre Struktur eines Proteins sich in eine funktionierende, dreidimensionale Struktur verwandelt – wie sich das Protein faltet – ist schwieriger. Der generelle Prozess ist bekannt, aber die Vorhersage von Proteinstrukturen verlangt viel Rechenzeit, stark steigend mit zunehmender Länge des Proteins, und ist unvollkommen.

Foldit ist der Versuch, die natürlichen menschlichen 3-D-Mustererkennungsfähigkeiten auf dieses Problem anzusetzen. Gegenwärtige Puzzles basieren auf gut verstandenen Proteinen. Indem untersucht wird, auf welche Art die Spieler intuitiv an diese Puzzle herangehen, versuchen die Wissenschaftler, existierende Proteinfaltungssoftware zu verbessern. 2008 nahm Foldit am CASP 2008 Protein-Vorhersage-Wettbewerb teil, und schnitt trotz geringer Erfahrung der Spieler und teils unausgereiften Werkzeugen sehr gut ab. In der Hälfte der Fälle gelang eine Top-3-Platzierung und einmal der Spitzenplatz (bei 71 bis 83 teilnehmenden Laboren, zwei Mal 527). In jedem einzelnen Fall wurden alle Modelle, die nur von Computern erstellt wurden, übertroffen.

Foldit ist ein Mix aus Crowdsourcing und Verteiltem Rechnen.

Siehe auch Bearbeiten

Literatur Bearbeiten

Weblinks Bearbeiten

es:Foldit fr:Foldit it:Foldit ja:Foldit lt:Foldit zh:Foldit

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